Depuis des siècles, plusieurs membres de chaque confrérie se livrent une guerre sans merci sous couvert des époques historiques, et même chez les dieux, on pensait que ces guildes puissantes étaient à jamais enfouies dans le sable et le sang de l’Histoire... Il n’en est rien. Elles sont là, et ont toujours été là, quelque part… attendant simplement le moment propice pour frapper. Les Templiers ont un seul but: contrôler le monde et prendre le pouvoir, pour faire des hommes leurs esclaves. De l'autre côté, il y a les Assassins, ceux qui protègent le libre arbitre des hommes. Cette guilde est affaiblie à cause d'une personne, Daniel Cross, qui a tué le chef des Assassins et qui sera considéré comme un traître. Les Templiers pensent alors que leur victoire est proche mais leurs ennemis sont toujours là, quelque part. Ceux qui étaient là avant nous attendaient la venue d'un homme qui changerait le monde.
Desmond Miles est le seul Assassin qui peut changer notre monde et faire revenir les cendres des Assassins grâce à son courage. Les Septs Gardiens ont attendu deux jeunes garçons qui aideront Desmond durant cette guerre. Adosssyukima et Masaki sont les plus jeunes et les plus forts Assassins que la confrérie ait jamais connu, et ils seront les seuls à tenir tête contre Abstergo.
Les mercenaires continuent toujours à se battre contre ceux qui les avaient trahis. Les Voleurs sont partout, luttant contre leurs ennemis, les Espions, qui les attendent toujours et n'importe ou. Les Courtisanes sont toujours considérées comme des objets sans valeur alors qu'elles ont la force de se battre pour faire entendre raison aux hommes.
N'oubliez jamais que les membres d'une guilde sont redoutables, sournois et sans scrupules. Ne jamais les sous-estimer car cela pourrait vous coûter cher. Aujourd’hui les pays sont maintenant des lieux où chaque guilde tient de plus un sanctuaire.
Une naissance
Junon a été libéré grâce à Desmond en le manipulant. Elle avait tout prévu dans cette guerre opposant les Assassins aux Templiers. Elle a commencé à prendre le pouvoir sur terre et à faire de tout les humains ses esclaves... Les guildes sont affaiblies, mais après ces incidents, en 2013 les Assassins, Templiers, Voleurs, Mercenaires, Courtisanes, et les Espions sont tous décidés à créer une alliance contre l'ennemie commun, il est temps pour cette coalition de combattre contre l'ennemi de l'humanité.
Quel camps choisirez-vous, avec qui serez-vous ? Vous battrez-vous pour la liberté de l'humanité aux côtés des forces coalisées, ou bien vous battrez-vous pour l'oppression de cette humanité et la suprématie de Junon ?